Ученым Советом Центра совместно с международным фондом «Поколение» учреждены две премии имени выдающихся хирургов современности. Они присуждаются за особый личный вклад в развитие сердечно-сосудистой хирургии и смежных дисциплин. Лауреату вручается золотая медаль с изображением А. Н. Бакулева или В. И. Бураковского, диплом и вознаграждение, размер которого зависит от числа номинантов.

Первой премии (1998 г.) им. А. Н. Бакулева был удостоен В. И. Бураковский (посмертно) за выдающийся вклад в развитие кардиохирургии; премии им. В. И. Бураковского – сотрудники Центра Г. В. Лобачева и К. В. Шаталов за выдающийся вклад в организацию и осуществление первых операций в 1997 г. в Институте кардиохирургии им. В. И. Бураковского на Рублевском шоссе.